Pasca dihilangkannya Garis-Garis Besar Haluan Negara (GBHN), telah dibuat sistem perencanaan pembangunan nasional yang dilegalisasi melalui UU 25 tahun 2004 tentang Sistem Perencanaan Pembangunan Nasional
Angka Partisipasi Kasar (APK) pendidikan tinggi masih 31,5%, jauh tertinggal dibandingkan negara tetangga, Malaysia (35%), Thailand (51%) dan Singapura (81%).